Tuy nhiên, công tác đào tạo nghề lao động nông thôn vẫn còn nhiều bất cập. Theo đề án Đào tạo nghề cho lao động nông thôn tỉnh Phú Yên từ năm 2011-2015 và định hướng đến năm 2020, bình quân mỗi năm tỉnh phải đào tạo nghề cho 10.400 lao động, trong đó học nghề nông nghiệp 4.160 người, chiếm 40%. Đối chiếu chỉ tiêu trên với thực tế thì Phú Yên thực hiện chưa tốt.

Thống kê cho thấy, tổng số lao động trong tỉnh được đào tạo trong 2 năm qua chỉ đạt gần 77% chỉ tiêu. Đáng chú ý, số lao động đào tạo dài hạn đều học nghề phi nông nghiệp, như vậy số lao động học nghề nông nghiệp nằm trong diện đào tạo ngắn hạn không đạt mục tiêu đề ra. Cụ thể, năm 2011, toàn tỉnh chỉ đào tạo 2.782 lao động ngắn hạn, trong đó 715 lao động học nghề nông nghiệp. Năm 2012, trong số 7.579 lao động đào tạo ngắn hạn, chỉ có 3.906 lao động được học nghề nông nghiệp, nghĩa là chỉ đạt gần 94% mục tiêu đề ra (4.160 lao động).

Một trong những nguyên nhân chính là các trung tâm dạy nghề cấp huyện có lực lượng cán bộ ở các trung tâm còn thiếu và chưa tinh thông về nghiệp vụ. Toàn tỉnh có 17 cơ sở dạy nghề, trong đó 7 trung tâm dạy nghề cấp huyện là những đơn vị nòng cốt trong đào tạo nghề nông nghiệp, nhưng thiếu giáo viên có trình độ chuyên ngành cũng như cán bộ quản lý giỏi, dẫn đến việc tuyển sinh còn thụ động, chủ yếu do đối tượng có nhu cầu học nghề tự tìm đến.

Theo Đề án đào tạo nghề lao động nông thôn giai đoạn 2011-2015, bình quân mỗi năm kinh phí để triển khai đề án này gần 73 tỉ đồng. Như vậy, trong 2 năm qua, kinh phí để thực hiện đề án này gần 146 tỉ đồng, nhưng trên thực tế chỉ bố trí được hơn 20 tỉ đồng.