Đến nay trên địa bàn huyện có 25 trang trại chăn nuôi theo công nghệ chuồng kín, diện tích chuồng trại 92.410 m2 với hệ thống làm mát, điều khiển nhiệt độ chuồng nuôi, máng ăn, uống tự động, nuôi thường xuyên 40.750 con lợn, 90.000 con gà đẻ và 34.000 con gà bố mẹ. Các trang trại áp dụng công nghệ xử lý chất thải chăn nuôi bằng bể biogas phủ bạt và chế phẩm vi sinh. Ngoài ra tại xã Ngũ Thái có 1 trang chại chăn nuôi hữu cơ, diện tích chuồng trại 900m2 nuôi 140 con lợn (100 con lợn thịt, 40 con lợn nái) và 1.000 con gà thịt, sản phẩm sản xuất ra đạt tiêu chuẩn hữu cơ.
Tại xã Nguyệt Đức, Công ty CP Đầu tư và xây dựng DELCO đầu tư xây dựng mô hình trang trại thông minh, thiết kế theo chuẩn công nghệ cao, tiên tiến đi vào hoạt động từ năm 2017 với diện tích khoảng 6 ha, kinh phí đầu tư 60 tỷ đồng bao gồm: Khu chăn nuôi gà đẻ trứng quy mô 50.000 con, 6.000 m2 nhà kính trồng dưa lưới Nhật Bản, cà chua và 1.500 m2 nhà kính trồng các loại rau theo phương pháp thuỷ canh.
Hệ thống trang trại thủy canh DELCO được thiết kế với 52 lô thủy canh trong đó có 2 lô được sử dụng để thử nghiệm, nghiên cứu một số giống cây trồng mới và những lô thủy canh còn lại được sử dụng để trồng các loại rau xà lách như xà lách Romaine, xà lách mỡ, lô lô xanh,…
Trang trại thủy canh DELCO sử dụng những vật liệu thi công hệ thống thủy canh chất lượng nhất bao gồm máng thủy canh nhập khẩu Thái Lan, hệ thống nhà màng công nghệ Isarel. Ngay trong vụ đầu tiên trang trại đã đạt được những kết quả khả quan đầu tiên với năng suất thu hoạch rau lên đến hơn 3.000kg rau. Rau tại trang trại đã nhận được chứng chỉ VIETGAP về rau an toàn và đã được phân phối trực tiếp cho một số hệ thống nhà hàng lớn.
Lĩnh vực thủy sản, toàn huyện hiện có 05 hộ nuôi cá lồng trên sông Đuống, với 243 lồng cá tại 3 xã ven sông là Mão Điền, Đại Đồng Thành và Đình Tổ, năng suất bình quân từ 5-6 tấn/lồng/năm. Đặc biệt, tại xã Mão Điền đã có HTX Trường Mạnh và 01 hộ gia đình ông Đỗ Đăng Năng được chứng nhận sản xuất thủy sản đạt tiêu chuẩn thủy sản an toàn năm 2017.
Thời gian tới, Thuận Thành tiếp tục triển khai đề án phát triển sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao của tỉnh Bắc Ninh, đồng thời rà soát, bổ sung quy hoạch vùng sản xuất nông nghiệp công nghệ cao phù hợp với thực tế địa phương.
