Nội dung chính của kết luận thanh tra như sau:
Trong thời kỳ thanh tra, Báo VietNamNet thực hiện tốt vai trò là cơ quan ngôn luận của Bộ Thông tin và Truyền thông, hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị của cơ quan báo chí, thông tin kịp thời, đầy đủ các sự kiện diễn ra trong đời sống xã hội, góp phần đưa chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước vào cuộc sống, lan tỏa những giá trị văn hóa, truyền thống tốt đẹp của Việt Nam cho cộng đồng và ra thế giới, nâng cao hiệu quả công tác thông tin đối ngoại, cũng như tham gia có hiệu quả vào mặt trận đấu tranh, phản bác quan điểm sai trái, luận điệu thù địch, góp phần giữ vững an ninh chính trị, trật tự, an toàn xã hội.
Bên cạnh những mặt tích cực nêu trên, Báo VietNamNet còn có một số tồn tại, hạn chế trong việc góp vốn thành lập Công ty liên kết, việc cử nhân sự tham gia quản lý, điều hành, tham gia hội đồng quản trị, tham gia Ban kiểm soát doanh nghiệp, sử dụng hệ thống quản trị nội dung tin bài do đối tác cung cấp, một số thiếu sót trong việc thực hiện thực hiện mua sắm tài sản. Trong quá trình thanh tra, Báo VietNamNet đã tích cực phối hợp, cung cấp đầy đủ thông tin và kịp thời khắc phục các tồn tại đã được chỉ ra.
Thanh tra Bộ Thông tin và truyền thông yêu cầu Báo VietNamNet rà soát, có biện pháp khắc phục và kiểm điểm, rút kinh nghiệm đối với những thiếu sót, tồn tại và báo cáo Lãnh đạo Bộ Thông tin và Truyền thông; đồng thời đề nghị cơ quan có thẩm quyền nghiên cứu, hoàn thiện chính sách quản lý về liên kết trong hoạt động báo chí nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho các cơ quan báo chí có nguồn lực thực hiện tốt nhiệm vụ được giao.