Căn cứ xử phạt dựa trên quy định tại điểm a khoản 4 Điều 6 Nghị định 15/2020/NĐ-CP ngày 3/2/2020 của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bưu chính, viễn thông, tần số vô tuyến điện, công nghệ thông tin và giao dịch điện tử.
Do trong quá trình hoạt động từ 29/6/2023 đến 22/5/2024, Công ty Fly Express không phát sinh lợi nhuận nên Thanh tra Bộ không áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả đối với hành vi vi phạm của công ty.