Nội dung chính của kết luận thanh tra như sau:
Về cơ bản, Viện Công nghiệp phần mềm và nội dung số Việt Nam đã thực hiện các trình tự, thủ tục về đầu tư theo quy định của pháp luật đối với Dự án "Đầu tư hạ tầng ứng dụng điện toán đám mây và tính toán hiệu năng cao". Trong quá trình thanh tra, Viện Công nghiệp phần mềm và nội dung số Việt Nam chấp hành nghiêm túc Quyết định thanh tra, bố trí cán bộ làm việc với Đoàn thanh tra, cung cấp đầy đủ, kịp thời các hồ sơ tài liệu, chứng từ, thông tin có liên quan trong suốt quá trình thanh tra; nghiêm túc tiếp thu những ý kiến đóng góp trực tiếp của Đoàn thanh tra.
Bên cạnh những kết quả đạt được, Viện Công nghiệp phần mềm và nội dung số Việt Nam còn có một số thiếu sót, tồn tại như: một số các tài liệu chưa được cung cấp đầy đủ tại thời điểm nghiệm thu thiết bị phần cứng; việc khai thác, sử dụng một số thiết bị của dự án, một số thiết bị, phần mềm chưa được nâng cấp kịp thời, chưa thành lập trung tâm tính toán hiệu năng cao.
Thanh tra Bộ Thông tin và Truyền thông đã đề nghị Viện Công nghệ số và Chuyển đổi số quốc gia tiến hành rà soát, xử lý đối với các trang thiết bị của Dự án theo quy định của pháp luật hiện hành; rà soát và có biện pháp khắc phục các thiếu sót, tồn tại được nêu tại Kết luận thanh tra.