Trước đó, ngày 9-12-2020, Hội đồng Nhân dân thành phố Hồ Chí Minh khóa IX đã thông qua Nghị quyết về thu phí sử dụng công trình, kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ, tiện ích công cộng trong khu vực cửa khẩu cảng biển trên địa bàn thành phố. Thời gian thực hiện thu phí bắt đầu từ ngày 1-7-2021. Tuy nhiên, do dịch Covid-19 phức tạp, ảnh hưởng đến đời sống xã hội, ngày 25-6 HĐND Thành phố đã thông qua Nghị quyết lùi thời gian bắt đầu thu phí hạ tầng cảng biển đến ngày 1-10. Đối tượng áp dụng thu phí hạ tầng cảng biển là tổ chức, cá nhân kinh doanh hàng hóa tạm nhập – tái xuất, hàng chuyển khẩu, hàng gửi kho ngoại quan, hàng quá cảnh; tổ chức, cá nhân kinh doanh hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu sử dụng công trình kết cấu hạ tầng khu vực cửa khẩu cảng biển thành phố bao gồm: mở tờ khai hải quan tại thành phố Hồ Chí Minh và ngoài thành phố.
Đối với hàng tạm nhập tái xuất, hàng gửi kho ngoại quan, hàng quá cảnh, hàng chuyển khẩu, áp dụng mức thu 50.000 đồng/tấn đối với hàng lỏng, hàng rời không đóng trong container; 4,4 triệu đồng đối với container 40ft và 2,2 triệu đồng với container 20ft.
Đối với hàng hóa nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu mở tờ khai ngoài thành phố Hồ Chí Minh sẽ áp dụng mức 500.000 đồng/container 20ft; 1 triệu đồng/container 40ft và 30.000 đồng/tấn đối với hàng lỏng, hàng rời không đóng trong container. Trong khi đó, hàng hóa nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu mở tờ khai tại TP Hồ Chí Minh, áp dụng mức thu là 250.000 đồng/container 20ft; 500.000 đồng/cont với container 40ft và 15.000 đồng/tấn đối với hàng lỏng, hàng rời không đóng trong container.
Toàn bộ số thu phí hạ tầng cảng biển sau khi trừ chi phí phục vụ thu phí được nộp vào ngân sách thành phố để quản lý và bố trí sử dụng có mục tiêu cho đầu tư, nâng cấp hạ tầng giao thông kết nối cảng biển trên địa bàn thành phố Hồ Chí Minh. Quá trình thu phí hạ tầng cảng biển đều không dùng tiền mặt mà thanh toán qua hệ thống điện tử 24-7 của các ngân hàng thương mại hoặc các ví điện tử. Giữa tháng 6-2021, Cảng vụ đường thủy nội địa thành phố Hồ Chí Minh (đơn vị được giao nhiệm vụ triển khai thu phí) đã hoàn chuẩn bị cho việc thực hiện thu phí đã cơ bản hoàn thành và sẵn sàng đưa vào vận hành thử nghiệm, tiến tới thực hiện thu phí chính thức.
