Thời gian qua, nhiều địa phương gặp lúng túng trong việc nên phân công trách nhiệm quản lý mạng tin học của địa phương cho sở TT&TT hay trung tâm tin học của Văn phòng Ủy ban do Thông tư liên tịch số 02/2011/TTLT-VPCP-BNV có một số quy định dẫn đến chồng chéo chức năng, nhiệm vụ giữa Sở TT&TT và Văn phòng UBND cấp Tỉnh về quản lý, duy trì mạng tin học cơ sở hạ tầng thông tin so với quy định tại Nghị định 64/2007/NĐ-CP và Thông tư liên tịch số 03/2008/TTLT-BTTTT- BNV.
Thông tư liên tịch số 03/2008/TTLT-BTTTT-BNV hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở TT&TT thuộc UBND cấp tỉnh, Phòng Văn hóa và Thông tin thuộc UBND cấp huyện, trong đó nêu rõ tại Khoản 1 Mục 1 Phần 1: “Sở TT&TT là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có chức năng tham mưu, giúp UBND cấp tỉnh thực hiện quản lý Nhà nước về báo chí, xuất bản, bưu chính và chuyển phát, viễn thông và Internet, truyền dẫn phát sóng, tần số vô tuyến điện, CNTT, điện tử, phát thanh và truyền hình, cơ sở hạ tầng thông tin truyền thông, quảng cáo trên báo chí, mạng thông tin máy tính và xuất bản phẩm, các dịch vụ công thuộc phạm vi quản lý của sở, thực hiện một số nhiệm vụ, quyền hạn theo sự phân cấp, ủy quyền của UBND cấp tỉnh và theo quy định của pháp luật".
Và theo Khoản 8 Mục 2 của Thông tư 03 về nhiệm vụ, quyền hạn của sở TT&TT, thì sở TT&TT có nhiệm vụ “Tổ chức, hướng dẫn thực hiện các dự án ứng dụng CNTT phục vụ thu thập, lưu giữ, xử lý thông tin số phục vụ sự chỉ đạo, điều hành của lãnh đạo cấp tỉnh” (điểm e); Xây dựng quy chế quản lý, vận hành, đảm bảo kỹ thuật, an toàn thông tin, hướng dẫn sử dụng cơ sở hạ tầng thông tin phục vụ hoạt động chỉ đạo, điều hành, tác nghiệp của UBND cấp tỉnh (điểm g), thực hiện các nhiệm vụ của đơn vị chuyên trách về CNTT của tỉnh (điểm k).
Thế nhưng, trong Thông tư liên tịch số 02/2011/TTLT-VPCP-BNV của Văn phòng Chính phủ và Bộ Nội vụ ban hành ngày 28/01/2011 hướng dẫn về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Văn phòng UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, tại điểm đ khoản 3 Điều 2 về nhiệm vụ và quyền hạn của Văn phòng UBND cấp tỉnh thì lại quy định Văn phòng UBND tỉnh, thành phố chịu trách nhiệm "Quản lý và duy trì hoạt động mạng Tin học của UBND cấp tỉnh".
Căn cứ vào Thông tư 02 nêu trên, đã có địa phương thu hồi chức năng quản lý, duy trì mạng Tin học của tỉnh vốn được xem là của sở TT&TT để chuyển lại cho Trung tâm tin học thuộc Văn phòng UBND tỉnh. Nhiều địa phương khác cũng đang lúng túng, đã đề xuất kiến nghị lên Bộ TT&TT về vấn đề này.
Tại buổi họp, đại diện Văn phòng Chính phủ đã giải thích: quy định trong Thông tư 02 và Thông tư 03 không có sự chồng chéo mà do các địa phương chưa có cách hiểu thống nhất, chính xác. Khi xây dựng Thông tư 03, Văn phòng Chính phủ và Bộ Nội vụ vẫn hiểu việc xây dựng, quản lý, vận hành hạ tầng mạng Tin học của tỉnh là trách nhiệm của sở TT&TT, còn Văn phòng Ủy ban chịu trách nhiệm quản lý và triển khai các ứng dụng chạy trên hạ tầng mạng đó nhằm phục vụ hoạt động chỉ đạo điều hành của lãnh đạo UBND tỉnh.
Phát biểu tại buổi làm việc, Thứ trưởng Nguyễn Minh Hồng cho rằng sắp tới Bộ TT&TT sẽ gửi văn bản đề nghị VPCP và Bộ Nội vụ hướng dẫn lại để các địa phương thống nhất cách hiểu về trách nhiệm của Văn phòng UBND tỉnh trong việc quản lý, duy trì hoạt động của mạng Tin học tỉnh. Trong thời gian tới cũng có thể sẽ phải sửa lại Thông tư 02.
