Với Nhóm sản phẩm hoàn thiện có tiềm năng ứng dụng, Giải Nhất trị giá 100 triệu đồng đã thuộc về sản phẩm Mr Test phiên bản 3.0, Phần mềm tổ chức thi trắc nghiệm với khả năng chấm tự động bằng nhận dạng phiếu thi trên giấy của nhóm Tác giả Đào Kiến Quốc, Nguyễn Thị Thanh Huyền, Phan Văn Thuận, Lê Quang Hiếu, Nguyễn Tiến Sỹ, Trịnh Quang Huy, Nguyễn Đức Định. Giải Nhì trị giá 50 triệu đồng thuộc về sản phẩm Xây dựng hệ thống quản lý đội phương tiện giao thông (Fleet Management System) của nhóm tác giả Nguyễn Hải Linh, Lê Trương Khang. Giải Ba trị giá 30 triệu đồng thuộc về sản phẩm Giải pháp và phần mềm tự động duy trì, thiết lập kết nối VPN trên đường truyền ADSL của nhóm tác giả Vũ Quang Hải, Trần Mạnh Cường.
Với Nhóm sản phẩm hoàn thiện đã ứng dụng rộng rãi trong thực tế, Ban Giám khảo đã không chọn được Giải nhất. Giải Nhì trị giá 50 triệu đồng thuộc về sản phẩm Phần mềm quảng cáo trực tuyến của Nhóm phát triển phần mềm đại diện cho VDC3. Có hai giải Ba, mỗi giải trị giá 30 triệu đồng, đã được trao trong nhóm những sản phẩm này, gồm sản phẩm Hệ thống chấm điểm tự động Alpha phiên bản 2.0 của nhóm tác giả Lê Thuỵ Anh, Trần Minh Triết, Văn Đức Phương Hồng, Lương Vĩ Minh, và sản phẩm Trình duyệt web an toàn của tác giả Nguyễn Quốc Bảo.
Ngoài ra, Ban tổ chức đã quyết định trao 08 giải thưởng phụ cho nhằm khuyến khích tinh thần sáng tạo khoa học công nghệ của các thí sinh dự thi Nhân tài Đất Việt 2006. Các giải thưởng bao gồm: Giải thưởng Vì lợi ích cộng đồng; Giải thưởng Vì sự nghiệp Khuyến học; Giải thưởng Tài năng trẻ; Giải thưởng Triển vọng; Giải thưởng Thế hệ tài năng; Giải thưởng Ấn tượng Cá nhân; Giải thưởng Ấn tượng Tập thể và Giải thưởng Ấn tượng Hội nhập.
Bộ trưởng Bộ Bưu chính, Viễn thông Đỗ Trung Tá và Chủ tịch Hội Khuyến học Việt Nam Nguyễn Mạnh Cầm trao giải cho nhóm đạt giải Nhất.
Cuộc thi đã hoàn thành thắng lợi với mục đích đã đề ra là triển khai rộng rãi chỉ thị 58-CT/TW của Bộ Chính trị về đẩy mạnh ứng dụng và phát triển công nghệ thông tin phục vụ sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước, qua cuộc thi có thể phát hiện ra nhân tài với các sản phẩm CNTT-TT tiêu biểu, nhằm tạo điều kiện nuôi dưỡng, phát triển và giúp họ đưa các sản phẩm đó vào ứng dụng thực tế nhanh chóng và hiệu quả nhất.