Mục tiêu của Chương trình nhằm thiết lập hệ thống cơ sở vật chất kỹ thuật, trang thiết bị và phương tiện hiện đại, đạt trình độ tiên tiến phục vụ công tác điều tra cơ bản, quan trắc, kiểm soát, bảo vệ môi trường và xây dựng cơ sở dữ liệu về biển, hải đảo đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ quản lý tổng hợp tài nguyên, môi trường biển, hải đảo trong tình hình mới,